Studentský grant má přispět ke studiu kořenového systému ječmene

Poznatky vedoucí k hlubšímu porozumění tvorby a vývoje kořenového systému u ječmene má přinést roční grant, který v rámci doktorské grantové soutěže Univerzity Palackého obdržely doktorandky Nikola Kořínková a Alexie Techer z CATRIN. Získané informace by mohly v budoucnu přispět k modulaci kořenového systému s cílem zajistit vyšší výnosy této hospodářsky významné plodiny i její vyšší adaptaci na měnící se klima.

Výzkumná skupina Rostlinná genetika a inženýrství CATRIN se studiu kořenového systému ječmene věnuje dlouhodobě. Obě studentky v rámci svých dizertačních prací sledují vybrané geny, které mohou tvorbu a vývoj kořenového systému regulovat. Díky projektu s názvem „Next-generation sequencing-based methods for transcription factor binding sites mapping in barley“ získají další informace, díky nimž bude možné dosavadní mozaiku znalostí doplnit.

„Zaměříme se na vybrané proteiny – transkripční faktory, které se váží na DNA  a podle obecných předpokladů by měly být schopné spouštět transkripci genů. Chceme zjistit, kde v genomu ječmene se vazebná místa nacházejí, což nám umožní metoda DAP-seq.  Naším cílem bude nejprve získání kvalitní knihovny DNA pro sekvenování nové generace, shromáždění vysoce kvalitních sekvenačních dat a mapování vazebných míst transkripčních faktorů v genomu ječmene,“ uvedla hlavní řešitelka grantu Nikola Kořínková.  Úkolem pro další fázi je pak zavedení připravených konstruktů do ječmene. Rostlinný materiál doktorandy chtějí připravit pro další sekvenovací metodu, která by v budoucnu mohla potvrdit či upřesnit výsledky získané metodou DAP-seq.

Výzkum obě mladé vědkyně povedou ve spolupráci s mentory. Pod vedením Davida Kopečného z Přírodovědecké fakulty UP budou moci rozšířit své zkušenosti s produkcí a purifikací rekombinantních proteinů. V další části projektu spojené se sekvenováním části genomu využijí zkušeností Pavly Navrátilové z olomouckého pracoviště Ústavu experimentální botaniky Akademie věd ČR. 

Výzkum navazuje na celosvětové snahy vědecké obce zajistit dostatek potravy pro neustále se rozšiřující lidskou populaci. Právě ječmen, který je čtvrtou nejčastěji konzumovanou plodinou, se stal důležitým výzkumným modelem. Díky své vysoké přizpůsobivosti jej lze pěstovat v různých podmínkách. „Zvýšení výnosu ječmene by mohlo být dosaženo modulací kořenového systému pro efektivnější využití půdních zdrojů. K tomu je třeba tvorbu a vývoj kořenového systému detailně pochopit.  V této oblasti jsme v případě ječmene teprve na začátku,“ uvedla druhá řešitelka Alexie Techer.

Získání grantu s dotací 958.000 korun považují obě doktorandky za úspěch. Samostatný grant připravovaly poprvé a musely si osvojit nové dovednosti. To je vedle rozšíření experimentálních dovedností i znalostí dalším z cílů této grantové soutěže, jež má pomoci připravit posluchače doktorského studia na jejich budoucí uplatnění ve vědě a výzkumu. V soutěži uspěly celkem tři týmy mladých vědců působících v CATRIN. Vedoucí skupiny Rostlinná genetika a inženýrství  CATRIN Véronique Bergougnoux-Fojtík pak bude mentorem v dalším projektu, jehož hlavní řešitelkou je studentka katedry asijských studií. Řešení projektů začne v lednu příštího roku.